mutually exclusiveという単語は、互いに排他的であることを意味します。これは、2つの事柄が同時に存在しないことを示します。たとえば、"A and B are mutually exclusive"(AとBは互いに排他です)というと、Aが成立する場合Bは成立しないということです。nonoverlappingに比べると、より厳密に排他性を強調しています。
separateという単語は、異なる、分かれた状態を意味します。たとえば、"keep the colors separate"(色を分けておく)というと、色が混ざらないようにすることを指します。nonoverlappingと同様に重複しないことを示しますが、more generally どちらかと言えば位置的に分かれていることへの注目があります。
unrelatedという単語は、関連がない、無関係であることを意味します。たとえば、"These facts are unrelated"(これらの事実は無関係です)という文で使用されます。nonoverlappingに比べると、関係性の欠如に焦点を当てており、異なるもの同士が接点を持たないニュアンスがあります。