Faustino is qualified and experienced enough for the position. Defense Secretary Lorenzana stated that Faustino's appointment is President Duterte's prerogative, and that he trusts the President's decision.
「prerogative」は、「特権」「特殊な権利」という意味があります。ニュースタイトルでも使われているように、政治的な意味合いや、特定の地位や立場にある人が持つ権利を指して使われることが多いです。 この場合は、大統領が任命する人員に関して、大統領には特権的な決定権があるということを表しています。
a right reserved exclusively by a particular person or group (especially a hereditary or official right); "suffrage was the prerogative of white adult males"ある特定の人やグループが排他的に留保する権利(特に世襲、または公的な権利)独占権
例:suffrage was the prerogative of white adult males 選挙権は白人の成人男性の特権だった